יצחק קוגלר התחיל את לימודיו באוניברסיטה העברית בחוגים לפילוסופיה ולמחשבת ישראל. כעבור שנה התחיל ללמוד בה משפטים, ובמקביל המשיך ללמוד פילוסופיה. כשלמד בשנה הראשונה בחוג למשפטים את הקורס בדיני עונשין, הוא חש כי קיים קשר הדוק בין תחום זה לתחום הפילוסופי, וכבר אז אימץ את השאיפה לעסוק בעתיד באוניברסיטה בתחום של דיני עונשין, בדגש על פילוסופיה. שאיפה זו הוגשמה בהמשך.
את לימודי התואר הראשון במשפטים הוא סיים בהצטיינות, ובמהלכם שימש גם כחבר מערכת "משפטים" וכעורך "משפטים". לאחר מכן התחיל ללמוד לדוקטורט במסלול הישיר. לקראת סוף לימודי התואר הראשון, ובמהלך השנים בהם כתב את הדוקטורט, הוא שימש כעוזר הוראה בדיני עונשין, ולאחר מכן כמתרגל בתחום זה. במקביל לכך הוא עשה התמחות, בין השאר אצל השופט העליון אהרן ברק, שבסיומה הוא קיבל רישיון לעריכת דין. עם סיום הדוקטורט הוא מונה למרצה ומאז ועד יציאתו לגימלאות לימד את קורס החובה בדיני עונשין, לצד העברת קורסי בחירה וסמינרים בתחום זה.
יצחק פירסם שלושה ספרים (שניים בישראל ואחד באנגליה) ומאמרים בישראל ובעולם. בפרסומיו, העוסקים בשאלות מעשיות בדיני עונשין, הוא משלב בהרחבה תובנות רבות מתחומי הפילוסופיה של המוסר, המדינה, והפעולה. גם בקורסים שלימד הוא שילב את הלימוד המעשי של המשפט המצוי והרצוי, עם העקרונות הפילוסופיים שעומדים ביסוד הדינים השונים של המשפט הפלילי.
במסגרת תפקידיו המנהליים השונים באוניברסיטה ובפקולטה הוא שימש, בין השאר, במשך שנים רבות, כיושב ראש הוועדה לפרסים ומלגות של הפקולטה למשפטים. בשנת 1996 הוא זכה במלגת פולברייט למרצה צעיר ובזכותה היה חוקר אורח באוניברסיטת פנסילבניה, ובשנת 2007 הוא התמנה להיות מופקד על הקתדרה למשפט פלילי על שם איבן ק. ראנד.

פרסומים מייצגים בעברית (פרסומים מייצגים באנגלית מופיעים בגירסה האנגלית של דף זה):

ספרים:

1. כוונה והלכת הצפיות בדיני עונשין (מכון סאקר, 1997)
2. תאוריה ומעשה בדיני עונשין: מבוא והיסוד העובדתי (מכון סאקר, 2020)

מאמרים:

1. "סרבנות מצפון כהגנה במשפט הפלילי" (בתוך הספר: חירות המצפון והדת, 1990).
2. "דרישת החובה לפעול בדיני המחדל הפלילי: הצדקת הדרישה, היקף חלותה, והעיגון הפורמלי של החובות לפעול" מחקרי משפט כ (2003) עמ' 201.
3. "האם כל חיקוק המטיל חובה לפעול משמש מקור חובה לצורך הרשעה בעברות גרימה בגין התנהגות מחדלית?" מחקרי משפט כ (2004) עמ' 379.
4. "על דרישת הזהות במסגרת היסוד הנפשי של המסייע" בתוך: מגמות בפלילים - לאחר עשור לתיקון 39 לחוק העונשין (2010) עמ' 137.
5. "היסוד הנפשי הבסיסי של סיוע לעברה" בתוך:ספר מרדכי (מוטה) קרמניצר  (2017) עמ' 415.